نهمین کنفرانس ملی و اولین کنفرانس بین المللی فیزیولوژی گیاهی

رفتن به صفحه اصلی

ارائه مجازی مقاله

کد مقاله 1294

عنوان متاآنالیز داده‌های ترنسکریپتومی به‌منظور شناسایی ژن‌های موثر بر تنش شوری در آرابیدوپسیس

نویسندگان امیرناصر ابراهیمی - رضا شیرزادیان خرم آباد - علی جمالیان - زهرا پزشکیان

چکیده این پژوهش با هدف شناسایی ژن‌های کلیدی دخیل در پاسخ آرابیدوپسیس به تنش شوری، از متاآنالیز داده‌های میکرواری به عنوان رویکردی کارآمد برای ادغام مجموعه داده‌های ترنسکریپتومی استفاده کرد. در این مطالعه، 8 تحقیق میکرواری شامل 57 نمونه (23 تنش و 34 کنترل) از پایگاه GEO انتخاب و پس از نرمال‌سازی quantile، تبدیل log2 و حذف اثر batch با الگوریتم Combat در محیط R ادغام شدند. ژن های با p-value < 0.01 به عنوان ژن‌های با بیان افتراقی شناسایی و در نهایت 50 ژن (42 ژن افزایش بیان و 8 ژن کاهش بیان با |LogFC| > 2.5 به عنوان ژن‌های محوری در پاسخ به شوری معرفی شدند که در میان آن‌ها، اعضای متعدد خانواده LEA برجسته بودند. آنالیز GO نشان داد این ژن‌ها عمدتاً در فرآیندهای پاسخ به کم‌آبی، آبسیزیک اسید، تنش شوری، سرما و نمو بذر نقش دارند و در اجزای سلولی مانند ناحیه خارج سلولی، سیتوسل، شبکه آندوپلاسمی و غشای کلروپلاست مستقر هستند، در حالی که از نظر عملکرد مولکولی عمدتاً در اتصالات لیپیدی مشارکت می‌کنند. تحلیل KEGG نیز غنی‌شدن مسیر متابولیسم سیانوآمینو‌اسید را نشان داد که نشان‌دهنده درگیری مسیرهای سمیت‌زدایی مرتبط با بیوسنتز اتیلن در پاسخ به تنش شوری است. شبکه برهم‌کنش پروتئین-پروتئین ساخته‌شده در String و تحلیل‌شده در Cytoscape با الگوریتم‌های MCC و Degree، بر نقش محوری پروتئین‌های خانواده LEA در سازمان‌دهی شبکه پاسخ به تنش شوری در آرابیدوپسیس تأکید کرد.

فایل ها

فایل پوستر pdf مقاله

ارائه مجازی مقاله

محتوای ارائه مجازی مقاله

نظرات